文帝从寿春回来，驻扎在陈留郡的边界。陈留郡太守孙邕谒见文帝，出来以后路过时拜访了鲍勋。当时营垒没有筑好，只树有封道的标志，孙邕只得绕行小路没有走正路，军营令史刘曜想要追究孙邕，鲍勋认为是壕沟和营垒还没筑成的缘故，制止并免除了追究，没有举报。大军回到洛阳后，刘曜有罪，鲍勋上奏要贬退刘曜，而刘曜秘密上表告发鲍勋私下免除追究孙邕罪过的事。文帝下诏说：“鲍勋指鹿为马，逮捕他并送交廷尉审理。”廷尉按法律定罪：“判刑五年。”廷尉正、廷尉监、廷尉平进行辩驳：“依照法律罚金二斤。”文帝发怒说：“鲍勋已无存活的名分，而你们这些人竟敢宽纵他！把三官以下的人收捕交付刺奸（其职督察执法）官员，应当让十只老鼠同处一个洞穴。”太尉钟繇、司徒华歆、镇军大将军陈群、侍中辛毗、尚书卫臻、代理廷尉高柔等人一起上书说：“鲍勋的父亲鲍信对太祖有功”，请求免去鲍勋的罪过。文帝不同意，还是杀了鲍勋。鲍勋注意修养品行，为政廉洁又能施舍他人，死的时候，家里没有多余的财产。过了二十天，文帝也去世了，鲍勋被诛杀，人们无不为他叹息悲痛。

司马芝字子华，是河内郡温县人。年轻时是个读书人，到荆州躲避战乱，在鲁阳山遇到强盗，同行的人都丢下老弱的人跑了，唯独司马芝坐着守护他的老母亲。强盗来了，用刀逼近司马芝，司马芝连连求饶叩头说：“母亲年老，生死全在各位！”强盗听到后说：“这是个孝子，杀了他是不道义的。”于是得以免害，他用手推车载着母亲逃难。他居住在南方十多年，亲自耕种，坚守节操。

太祖平定荆州，任用司马芝任菅县县长。当时国家初建，许多人都不守法。郡府的主簿刘节，出自社会上的豪门家族，是动武任侠的人，拥有宾客一千多家，他们外出做盗贼，回郡扰乱地方官吏的治理。没多久，司马芝征派刘节的门客王同等人服兵役，属官据情禀告：“刘节家向来不曾服徭役，如果到时候王同等人藏匿起来，一定留下忧虑。”司马芝没有听取属官的意见，给刘节写信说：“您家是有势力的家族，您又是郡守的辅佐，可是您的门客常常不服徭役，这已使广大百姓怨愤了，这情况有可能传出去让上司知道。现在调征王同等人服兵役，希望按时发送。”服兵役的人已经集中到了郡府，刘节却藏匿王同等人，司马芝于是下令督邮以延误军需假装责备县府，县府属吏束手无策，只得要求代替王同等人去服兵役。司马芝便将文书速送济南郡，陈述了刘节所有的罪过。太守郝光向来敬重信任司马芝，马上要刘节代王同服兵役，打这以后青州就有司马芝“让郡府主簿当兵的传说”。司马芝后升任广平县令。征虏将军刘勋，地位显贵，为人骄横，又是司马芝的同乡将军，他的门客、子弟在边界多次犯法。刘勋写信给司马芝，不署姓名，大多是为门客、子弟们求情，司马芝不给他回信，一律按法律办事。后来刘勋因为行为越轨被杀，与他有牵连的人都获罪，司马芝因此受人称赞。

司马芝升任大理正。有人偷窃官府的白丝绢藏在厕所里，官吏怀疑是女工所为，逮捕女工交付牢狱。司马芝说：“惩罚犯罪的失误，失误在苛严残暴。现在先拿到赃物然后再去讯问供词，如果受不住拷打，有可能会无辜认罪。无辜认罪的情况不能定案。拿取证据是简明又易行的办法，这是圣人的教化。不漏掉有罪的人，这是一般朝代的治罪原则。现在宽免所怀疑的人，是用来进一步说明获取证据定案既简明又易行这一道理，不也是可以吗！”太祖接受了他的建议。司马芝历任甘陵、沛、阳平三郡太守，他在这三郡任职期间都有政绩。黄初年间，调任河南尹，他抑制豪强扶助弱势，私下请他办事他决不办理。遇上朝内官员有事想托付司马芝，不敢开口，就通过司马芝妻子的伯父董昭。董昭也畏惧司马芝，不给传话。司马芝给下属制定教令说：“君主能设立教令，不能使官员一定不触犯。官员触犯了教令，但不能使君主一定不知道。设立教令而被触犯，是君主的低劣无能；官员触犯了教令而被君主知道，是官员遭灾。君主在上低劣无能，官员在下遭受灾祸，这就是政事治理不好的原因。可以不各自勉励吗！”从此他的下属官吏没有不自勉的。他门下的循行曾经怀疑给司马芝守门的仆役偷盗簪子。仆役的供词与事实不符，官署的官吏逮捕守门仆役交付监狱。司马芝教导大家说：“凡是事物就有相像而难以区分的情况，除非像古代离娄那样眼力好的人，很少能不出现疑惑。即使实际情况是那样，循行怎么忍心为珍爱一个簪子，去轻易伤害自己的同事哩！希望停止审问。”

明帝即位，赐爵关内侯。顷之，特进曹洪乳母当，与临汾公主侍者共事无涧神 系狱。卞太后遣黄门诣府传令，芝不通，辄敕洛阳狱考竟，而上疏曰：“诸应死罪者，皆当先表须报。前制书禁绝淫祀以正风俗，今当等所犯妖刑，辞语始定，黄门吴达诣臣，传太皇太后令。臣不敢通，惧有救护，速闻圣听，若不得已，以垂宿留。由事不早竟，是臣之罪，是以冒犯常科，辄敕县考竟，擅行刑戮，伏须诛罚。”帝手报曰：“省表，明卿至心，欲奉诏书，以权行事，是也。此乃卿奉诏之意，何谢之有？后黄门复往，慎勿通也。”芝居官十一年，数议科条所不便者。其在公卿间，直道而行。会诸王来朝，与京都人交通，坐免。

后为大司农先是诸典农各部吏民，末作治生，以要利入。芝奏曰：“王者之治，崇本抑末，务农重谷。《王制》：‘无三年之储，国非其国也。’《管子·区言》以积谷为急。方今二虏未灭，师旅不息，国家之要，惟在谷帛。武皇帝特开屯田之官，专以农桑为业。建安中，天下仓廪充实，百姓殷足。自黄初以来，听诸典农治生，各为部下之计，诚非国家大体所宜也。夫王者以海内为家，故《传》曰：‘百姓不足，君谁与足！’富足之田，在于不失天时而尽地力。今商旅所求，虽有加倍之显利，然于一统之计，已有不赀之损，不如垦田益一亩之收也。夫农民之事田，自正月耕种，耘锄条桑，耕熯种麦，获刈筑场，十月乃毕。治廪系桥，运输租赋，除道理梁，墐涂室屋，以是终岁，无日不为农事也。今诸典农，各言‘留者为行者宗田计，课其力，势不得不尔。不有所废，则当素有余力。’臣愚以为不宜复以商事杂乱，专以农桑为务，于国计为便。”明帝从之。

明帝即位，赐给司马芝关内侯爵位。不久，特进曹洪的奶妈当氏，与临汾公主的侍者一起去祭祀无涧山山神获罪而被囚禁在监狱。卞太后派遣黄门宦官到司马芝的官府传达命令，司马芝不准他通报，立即下令洛阳狱官拷打审问，然后上疏说：“他们几个是应该处死的罪犯，都应事先上表等待回复。以前制定禁绝不合礼制的祭祀文书，为的是纠正风俗，现在当氏等人犯下滥祭妖神的邪恶罪刑，供词已审定，黄门宦官吴达来到臣下这里，传达太皇太后的命令。臣不敢让他通报，担心有人营救当氏等人，臣紧急上报皇上，如不得已，请皇上下令保护。因为不能及早结案，是臣的罪责，因此冒犯常法，臣立即命令县狱拷打审问，擅自执行刑法，下臣等待皇上治罪。”皇上亲自写诏书回复说：“看了奏表，明白你的一片忠心，你想遵奉诏书旨意灵活地处理案子，这是对的。这是你遵奉诏书的想法，有什么要请罪的呢？以后黄门宦官再到你处，千万不可让他们通报。”司马芝当官十一年，多次参与讨论法律条文中不合理的部分。他在公卿中，正直行事。恰遇各诸侯王朝见皇上，由于与京都人交往，获罪被免去官职。

司马芝后来担任大司农。先前主管屯田的各部官民，是以经营工商业维生，为的是牟取财利。司马芝上奏说：“君王治理国家，应推崇农耕，抑制工商业，努力发展农业，重视粮食生产。《礼记·王制上》说：‘没有三年的粮食储备，国家就不成其为国家了。’《管子·区言》认为积蓄粮食是当务之急。现在吴、蜀二敌没有消灭，军队作战接连不断，国家的大事，就在粮食、布帛方面。武皇帝特别设置屯田官，专为发展农桑业。建安年间，天下粮仓充实，百姓富裕。自黄初年间以来，听任各主管屯田官员经营产业，各为部下考虑，这确实不是适合国家大局的做法。君王要以天下为家，因此《传》上说：‘百姓不富足，国君与谁一起富足！’富足的根本，是在于不要失去天时又要尽量发挥土地的作用。现在商人所追求的，虽然有成倍的明显利润，但对于全国统一的大计，已经产生了不可估量的损失，不如开垦田亩增加田亩的收入。农夫干农活，从正月开始耕种，锄草采桑，烧取草灰作肥料，耕地种麦，收割打场，直到十月才结束。修缮仓库，捆好桔槔，运送粮食，交纳租赋，修筑道路，架设桥梁，粉刷房屋，就这样过完一年，没有哪天不在干农活。现在各位管屯田的官员，都说：‘留下的人耕种外出的人的宗田，征用他们的劳力，形势不得不这样做。要做到没有荒废的地方，那么应该让平时有多余的劳力。’臣认为不应再让工商业来干扰农业，应当专以农桑为当务之急，这对国家大计有利。”明帝接受了他的意见。

每上官有所召问，常先见掾史，为断其意故，教其所以答塞之状，皆如所度。芝性亮直，不矜廉隅。与宾客谈论，有不可意，便面折其短，退无异言。卒于官，家无余财，自魏迄今为河南尹者莫及芝。